中科院实施知识创新工程10几年来，给研究所带来了难得的发展机遇，也为研究所制度建设的不断创新和完备提供了广泛的空间。改革创新以来，各研究所都有了日趋完善的制度体系，规章制度涉及到研究所管理的方方面面。实践证明，这些制度的建立，为推动研究所知识创新工程和各项改革的顺利进行，对加强研究所管理，有效地预防腐败案件的发生，提高研究所综合竞争实力发挥了不可否认的作用。
但随着创新工程的深入，研究所逐渐遇到了一些新问题和新矛盾，对制度建设的针对性和适用性提出了新的要求，表现在多个方面。如，科研事业经费来源渠道增加，经费量大幅增长，研究所实行题目组经费核算方式，带来经费管理上的新问题；创新后重大科研工程项目和基建项目规模大投入多，经费量加大，给管理和监督工作带来难度；科研机构及组织形式多元化，职工的利益格局不断调整，人员编制不同（创新岗位、项目聘任岗位、流动人员、退养人员等），收入差距拉大，各类矛盾不断出现；新的用人制度、考核制度、晋升制度，使不同年龄层次的科技人员压力增大，出现浮躁现象，违反科研道德事件时有发生等。
虽然研究所的管理制度基本健全，初步做到了有法可依。但不少制度没有得到很好落实，存在着重制定、轻执行现象；有些创新后出现的新情况没有跟进的制度规范，某些方面出现空白和制度滞后和缺项的情况；个别单位还存在本单位的“小”制度与国家的“大”制度不一致的情况；在制度的执行问题上，缺少严格的监督体系，执行不利，问责机制不健全等。
加强反腐倡廉工作，注重制度创新刻不容缓。制度建设是具有“根本性、全局性、稳定性和长期性”的重要方面，制度建设不能停留在纸上，而是要有效管用，让广大干部职工能够接受、自觉维护，真正做到用制度管权，按制度办事，靠制度管人，从源头上防治腐败现象的发生。
注重制度创新，要作好以下几项工作：
一、把制度建设与廉政文化建设相结合，增强职工的制度意识
制度和文化不同，但制度和文化又是相互联系、相互制约、相互促进的，制度管理是刚性约束，文化管理是柔性导向，在有形的制度中渗透着无形的文化，而无形的文化又通过有形的制度载体得以体现。在党风廉政建设工作中，制度建设是基本建设，而增强职工的制度意识，是保证制度有效执行的重要前提。如果广大干部职工没有树立牢固的制度意识，不能自觉遵守和维护制度，再多再好的制度也难发挥效用。因此要着力于增强全员制度意识，筑牢遵纪守法的思想基础，把按制度办事转化为干部职工的自觉行动。从这个意义上讲，制度建设又是研究所创新文化建设的重要内容。因此在党风廉政建设工作中，要注意制度建设与文化建设的有机结合，弘扬研究所创新文化建设的成果，提倡“廉洁勤奋、诚信守法、行为规范、道德高尚”的廉洁文化，充分发挥研究所文化的导向、激励、约束和凝聚功能，把廉洁文化理念和方式融入制度之中，提升制度的文化品位，同时通过运用廉洁文化富有的渗透力、感染力和约束力，陶冶职工情操，矫正不良行为，为加强反腐倡廉制度建设营造良好的文化氛围。
在研究所廉政文化教育活动中，要坚持正面典型示范教育和反面典型警示教育相结合，既宣传勤廉兼优的典型，以其可信、可亲、可敬的先进事迹感染和激励广大党员干部；又利用对社会影响大的群众关注的重大案件，给予警示告诫党员干部，帮助党员干部提高思想境界，牢固树立正确的政绩观、权力关和群众观。
二、针对管理工作的重点领域和薄弱环节完善制度，增强制度的针对性和操作性
制度要有效管用，必须随着创新工程的不断深化和快速发展而不断修订、完善或者增加、废止，否则就会脱离实际，没有操作性。从各单位现有的制度来看，数量不少，但有些制度条文内容过于宏观，没有具体操作性规定，难以实施；或者是缺乏量化的规定，执行时存在漏洞和配套措施；有的制度彼此之间缺乏相互衔接，不能发挥制度整体效应等。
中科院确定反腐倡廉的八个重点领域包括：课题经费管理、基建项目管理、科研成果和知识产权转移转化、企业转制并购与上市、大中型仪器和设备采购、新建科研机构建设、院所投资企业经营管理、严重学术不端行为等。这些领域都是改革创新工作中出现的新情况和新变化，这些变化带来反腐倡廉工作面临的新形势，迫切要求与之相应的各种管理制度尽快补充完善，以保证创新活动的各个环节都有章可循，监督到位。
要加强对重点领域制度执行情况的监督检查力度，注意总结重点领域制度建设的成功案例和违纪违法案例，发挥正反面典型案例的预警示范作用，把一些苗头性问题消灭在萌芽阶段。同时结合党风廉政建设责任制检查、考核等工作，加大对重点领域制度执行情况的动态检查，发现问题，及时纠正。
三、建立岗位反腐控制点，从源头上预防腐败现象的发生
惩防并举、注重预防，是反腐倡廉的治本之策。从重点岗位、重点人员入手，深入查找容易诱发腐败问题的部位和环节，构筑制度防线，降低由于权利集中和垄断造成的风险，对于预防腐败有着至关重要的作用。沈阳分院从2009年开展尝试建立岗位反腐控制点工作，排查岗位廉政风险，建立预防和监督机制。这项工作是以促进机关干部勤政廉政为目的，融教育、制度和监督于一体，将廉政建设、作风建设和能力建设有机结合，旨在最大限度地降低廉政风险，使机关干部时刻警钟常鸣、保持廉洁自律本色。
建立岗位反腐控制点，首先要查找分析岗位廉政风险点，根据风险点对照现有规章制度，对不完善的方面进行补充修订。从院赋予分院的管理职能上看，分院作为科研管理机关，不承担具体的科研项目，工作人员的岗位廉政风险主要是两个方面：领导层面的廉政风险主要表现在“三重一大”问题（即重大投资、重大项目、重要岗位人员的使用和大额资金的使用）不公开，不透明，不经过集体讨论决定，或讨论决策过程中不严格按领导班子议事规则执行，存在个人说了算或存在重要分歧即行决策，或收受请托人贿赂，不按原则秉公处理问题等。
机关职能部门各管理岗位的廉政风险环节主要表现在：组织会务及接待工作时虚列开支、虚开发票；专项经费超标准使用、技术转移、其它收入等不入帐或转移支出等；私设“小金库”帐外帐；不按规定采购办公用品、资产处置上违规操作或谋取私利等。
在实施岗位反腐控制点工作中，沈阳分院不断完善各类管理制度，先后补充制定了关于会议组织、出差、招待费审批制度、关于对外签署各类合同、协议的管理办法等，实行报销实名制、建立部门经费核算手册、重申了机关干部收受贵重礼品、礼金登记上交制度等。
实行机关管理岗位反腐控制点，首先要在分院领导和处级领导层次统一认识，取得共识，得到各部门的支持和配合。其次，每个控制点都要有相应的制度进行控制，对不完备的制度要及时进行增补，防止出现空白。第三要强化制度的执行力度，增加控制点的权威性。
反腐倡廉制度建设是一个系统工程，需要思想教育、制度创新、监督检查、惩治处理各个环节的相互联系、协调配合，从而提高制度体系的整体功效。制度建设也不是一劳永逸的，制度的内容和形式需要随着形势的变化和新问题的出现，不断地调整、完善，从而实现制度建设与科技创新共同的与时俱进。
